Laboratorium Agroekoteknologi memiliki beberapa ruang penunjang utama yang mendukung kegiatan akademik dan penelitian. Ruang dosen digunakan untuk aktivitas kerja dosen, seperti konsultasi mahasiswa, penyusunan proposal, dan publikasi ilmiah. Ruang diskusi difungsikan sebagai tempat presentasi, rapat tim riset, dan tukar pikiran antar peneliti dan mahasiswa. Ruang LAF (Laminar Air Flow) atau ruang steril digunakan untuk kegiatan yang membutuhkan kondisi aseptis, seperti inokulasi mikroba, kultur jaringan, dan preparasi sampel steril. Sementara itu, ruang rapat menjadi pusat diskusi antara dosen dengan dosen maupun dosen dengan mahasiswa. Seluruh ruangan saling terintegrasi untuk mendukung riset yang efisien dan berkelanjutan. Selain itu Laboratorium Agroekoteknologi juga memberikan fasilitas berupa lahan percobaan bagi mahasiswa yang melaksanakan penelitian di lapang seperti pengamatan pertumbuhan tanaman, pengaplikasian produk pertanian, dan lain sebagainya.