Kelompok Riset Rekayasa Agroekosistem berfokus pada pengelolaan dan perancangan sistem pertanian yang memadukan prinsip ekologi dan teknologi untuk menciptakan agroekosistem yang sehat, produktif, dan berkelanjutan. Penelitiannya mengutamakan pendekatan “manipulasi habitat” yang mengintegrasikan rekayasa ekologi di atas permukaan tanah, seperti pengelolaan vegetasi dan habitat organisme berguna, dengan rekayasa di bawah permukaan tanah yang mencakup perbaikan kualitas fisik, kimia, dan biologi tanah. Cakupan risetnya meliputi peningkatan biodiversitas agroekosistem, perlindungan tanaman melalui konservasi musuh alami dan polinator, penerapan konsep zero waste, hingga strategi mitigasi dampak perubahan iklim yang relevan dengan sistem pertanian. Seluruh kegiatan ini dijalankan pada berbagai skala, mulai dari tingkat mikro seperti plot penelitian hingga skala bentang-lahan, sehingga hasilnya tidak hanya terbatas pada teori, tetapi juga dapat diterapkan secara langsung di lapangan.
Dalam pelaksanaannya, penelitian ini menggabungkan berbagai teknik pengelolaan lahan dan tanaman yang saling melengkapi untuk menjaga keseimbangan ekosistem pertanian. Metode yang digunakan dalam penelitian antara lain pengolahan tanah yang ramah lingkungan, penanaman cover crops untuk menekan gulma dan meningkatkan kesuburan, penanaman tanaman refugia untuk menyediakan habitat bagi organisme berguna, penggunaan pupuk hijau (green manure) untuk memperbaiki kesuburan tanah, serta penerapan pola tanam berkelanjutan seperti pertanian organik, multicrops, intercropping, dan trap crops. Kajian ini juga menganalisis hubungan antara komponen tanaman (keragaman jenis, nutrisi, dan pertumbuhan), komponen tanah (struktur, tekstur, dan biota tanah), komponen biotik (predator, parasitoid, polinator, dan patogen), serta faktor abiotik seperti iklim dan kondisi fisik lingkungan. Dengan pendekatan integratif tersebut, penelitian tidak hanya mempelajari komponen secara terpisah, tetapi juga memahami interaksi antar komponen untuk membentuk agroekosistem yang lebih resilien dan berkelanjutan.
Kelompok riset ini tentunya memiliki visi misi yang menjadi landasan utama dalam setiap kegiatan penelitian dan pengembangannya. Visi yang diusung adalah membangun pertanian industrial yang berkelanjutan melalui penerapan prinsip-prinsip rekayasa agroekosistem. Untuk mewujudkan visi tersebut, misi yang dijalankan meliputi penelitian dan pengembangan di bidang pertanian berkelanjutan, penerapan konsep Integrated Farming System yang menggabungkan berbagai komoditas dan teknik budidaya dalam satu kesatuan, serta kajian mitigasi perubahan iklim yang relevan dengan pengelolaan agroekosistem. Misi ini juga mencakup pengembangan teknologi tepat guna dan inovasi yang dapat diadopsi langsung oleh petani maupun pemangku kepentingan, sehingga hasil riset tidak hanya bersifat akademis tetapi juga memberikan manfaat nyata di lapangan. Dengan visi dan misi tersebut, kelompok riset ini menempatkan diri sebagai penggerak perubahan menuju sistem pertanian yang lebih sehat, efisien, dan berdaya saing.
Sebagai arah kerja yang lebih terstruktur, kelompok riset ini memiliki research outline yang menjadi panduan dalam merancang, melaksanakan, dan mengembangkan penelitian di bidang rekayasa agroekosistem. Research outline ini berfungsi sebagai kerangka besar yang memuat fokus utama penelitian, strategi pendekatan, serta target luaran yang ingin dicapai dalam jangka pendek maupun jangka panjang. Di dalamnya, tercakup prioritas kajian mulai dari peningkatan kualitas dan kesehatan agroekosistem, pengelolaan biodiversitas, pemanfaatan teknologi ramah lingkungan, hingga integrasi berbagai praktik pertanian berkelanjutan yang mampu menjawab tantangan nyata di lapangan. Kerangka ini juga mengatur keterkaitan antar topik riset agar saling mendukung, sehingga setiap hasil penelitian dapat terhubung menjadi sebuah sistem pengetahuan yang utuh dan aplikatif bagi dunia pertanian.